فيلم عد تنازلي إلى الجنة يظهر رجال المنظمة السوداء في هذا الفلم وتكون مهمتهم تصفية مبرمج حاسوب كان يعمل مع المنظمة اسمه "هارا" وكذلك تفجير الطابق الأربعين في البرج المزدوج لشركة توكيوا لأنه يحتوي على بيانات سرية عن المنظمة خزنها "هارا" هناك. في الوقت الذي قتل فيه جين "هارا" تقع سلسلة جرائم 6. فيلم خيال شارع بيكر يدخل كونان وأصدقائه في لعبة خيال علمي اسمها "كوكون", ولكن يحدث أمر غريب وهو سيطرة برمجية اسمها سفينة نوح (بالإنجليزية: Noah's Ark) على نظام التحكم في اللعبة. يبدأ كونان وأصدقائه مغامرة داخل اللعبة في لندن القديمة ويحاولون البحث والقبض على شخصية جاك السفاح بمساعدة المتحري الشهير شارلوك هولمز 7. فيلم تقاطع طرق في العاصمة القديمة يقوم هيجي بالبحث عن صديقته التي شاهدها تغني في أحد المعابد في مدينة كيوتو, و عند بحثه عنها يجد كونان ورفاقه في مدينة كيوتو قد جائوا للبحث عن إحدى العصابات التي سرقت تمثال من أحد المعابد في النهاية يكتشف زعيم تلك العصابة بأن كرة الكريستال المفقودة من التمثال هي بحوزة هيجي فيقوم باختطاف كازوها كرهينة مقابل الكريستالة. 8. فيلم ساحر السماء الفضية كايتو كيد يظهر في هذا الفلم ويحاول سرقة خاتم الممثلة "جولي" لذلك يقوم بالتنكر بشخصية سينشي كودو (أو كونان) ولكن في النهاية لم يتمكن كونان من الإمساك به ونجح كيد في الهرب.
YouTube سلسلة قائمة أفلام المحقق كونان من الفلم الأول إلى الفلم الأخير
21. فيلم اختفاء كونان إيدوغاوا - اسوا يومين في التاريخ تقترح ران على كونان و هيبارا الذهاب إلى الحمام العمومي و هناك يسقط كونان و يفقد الذاكرة. ثم ياخذه الثنائي الاجرامي نانا و تاتسو اضافة إلى القاتل الاسطوري كوندو. و من ثم يبحث البروفيسور اغاسا و هايبرا عن كونان عن طريق نظارات كونان الاحتياطية و لكن تقوم نانا بامر سائق شاحنة و يقام حادث. و في ذلك الوقت يتظاهر كونان بفقدان الذاكرة و يكشف مخطط القنبة التي تستهدف امراة و ابناها من الطبقة الثرية. و بعد قتال يحصل بين المجرم و ران ينصب كونان كمين للخاطفين و يتم القبض عليهما من قبل الشرطة.
ولكن فجأة يختطف المنطاد من قبل جماعة إرهابية تدعى شامو-نيكو الحمراء التي سرقت أحد الأمراض البيولوجية ولا أحد يعرف أهدافها. فكيف سينجو اصدقائنا و هل سيتمكن كيد من سرقة الجوهرة ؟ 15. فيلم 15 دقيقة من الصمت كونان وران وفرقة المتحرين الصغار وآخرون يذهبون إلى مملكة الثلوج وفي بداية الأمر يتلقى محافظ طوكيو رسالة تهديد غامضة وفى نفس اليوم ستنفجر قنبلة في مترو الأنفاق الذي افتتح حديثا؛ ولكن كونان يستطيع أن ينقذ الجميع دون وقوع أي قتيل من انفجار النفق فتشتد الصراعات وتلتهب الأحداث. 16. فيلم المهاجم الحادي عشر تتلقى وكالة موري للتحريات مكالمة هاتفية مجهولة، شخص ما يحذر من وضعه لقنبلة ويترك وراءه شفرة غامضة. مغامرة جديدة للمحقق كونان برفقة المتحرين الصغار؛ أثناء حضورهم مباراةً بين فريق طوكيو وفريق أوساكا. فيكون المحقق كونان في موقف صعب. 17. فيلم العين الخفية في البحر البعيد تدور أحداث قصة الفيلم حول قضية مُغلقة في سفينة ما تُدعى إيجيس محمية من قِبل وزارة الدفاع اليابانية، و بالتعاون كذلك مع وزارة الدفاع البحرية الذاتية. تبدأ القصة عندما يتم العثور على جثة أحد أعضاء قوات الدفاع البحري الذاتي ناقص الذراع الأيسر بعدما عرفوا أن هنالك جاسوسًا قد تسلل إلى السفينة إيجيس نفسها مسببًا اضطرابات، وكذلك يضع ران في خطر مُحدق للغاية.
12. فيلم لحن كامل من الرعب تتمحور قصة هذا الفلم حول أكاديمية موسيقية يملكها موسيقار ياباني يدعى "دوموتو كازوكي", أحد مستشاري هذا الموسيقار يحقد عليه لأنه تحول من عزف البيانو إلى عزف الأورغ! يقوم ذلك الأخير بقتل أربع موسيقيين بسبب أنهم كانوا السبب في موته ابنه, ثم يخطط لتفجير صالة دوموتو الموسيقية أثناء إقامة الاحتفال فهل ينجح في ذلك ؟ 13. فيلم المطارد الأسود رجل يقود على طريق التلال فجأة يدرك أن فرامل سيارته لا تعمل وتسير بسرعة عالية، وتحطم سيارة في كشك حصيلة. يموت الرجل ولكنه يترك رسالة غامضة قبل الموت: " تاناباتا. كيو ". وجد بجانبه قطعة من الماهوجونج بجوار جثة وعثر على ست حالات متشابهة في طريقة القتل في طوكيو، كاناغاوا، شيزوكا، ناغانو وأماكن أخرى في اليابان. و توجد قطعة من الماهوجونج بجانب كل ضحية فهل للمنظمة السوداء علاقة بالامر و هل ينجح بطلنا الصغير في كشف اللغز ؟ 14. فيلم السفينة الضائعة في السماء قصة الفيلم تدور حول جوهرة تدعى سيدة السماء، التي يحاول كايتو كيد سرقتها. هذه الجوهرة وضعها جيروكيشي عم سونوكو في أكبر منطاد في العالم متحديًا كيد بسرقتها. في نفس المنطاد يتواجد كل من،كونان إيدوجاوا، ران موري، كوغورو موري والبقية والذين يحضرون هناك بدعوة من سونوكو صديقة ران.